報告書
- 「水産学術研究・改良補助事業報告（要約集）」（平成4年3月）
- 「水産学術研究・改良補助事業報告」平成3年度（平成6年3月）～平成21年度（平成22年11月）
- ・報告書（要約集）は、昭和55年度から平成2年度までを要約して刊行した。事業報告は平成3年度以降、毎年継続して発行している。
機関誌
- 「北水協会報告」 第1号（明治18年3月）～第77号（明治26年3月）
- 「北海道水産雑誌」第1巻第1号（明治26年6月）～第9巻第6号（明治42年9月）
- 「北海之水産」 第1号（明治44年1月）～第121号（大正13年３月）
- ・以後は北海道水産会が引き継ぎ、昭和20年まで継続発行した。
図書
- 「水産講談会記事竝列品解説」 北水協会発行 明治22年3月
- 「米国水産取調書」（伊藤一隆復命書） 明治25年4月
- 「北海道水産調査報告 巻の一 鱈漁業」 北海道庁調査 明治37年6月本会発行
- 「漁業登録令註釈」（福島麟次郎君校閲、岩倉奈良市君編述）明治44年6月
- 「北海道水産一覧」 北水協会発行 大正7年8月発行
- 「北海道鮭増殖目標設定とその実施経過」 昭和37年3月
- 「水産界の先駆 伊藤一隆と内村鑑三」大島正満著 昭和39年10月
- 「鹹淡往来」半田芳男著 昭和43年7月
- 「水産加工指導資料」 北海道立網走水産試験場編 昭和55年3月
- 第1集 サンマ、イワシの食べ方・ホッケの加工・タラ類の加工
- 第2集 貝類の加工（ツブ、カキおよびホタテガイ）・タコの加工
- 第3集 サケ・マス類の加工・ウニの加工
当協会編纂
- 「北海道漁業志稿」（昭和10年10月）北水協会・北海道水産協会
- 同上（昭和52年4月）（株）図書刊行会
- ・本書は、明治22年、第3回内国勧業博覧会に出品する目的で、当協会が出品物調査委員（村尾元長外11名）に依頼して編集、以来長い間原本のままであったが、昭和10年刊行した。
沿革史・記念誌
- 「北水協会沿革史」（創立75周年記念）昭和34年10月
- 「北水協会創基80周年記念誌」昭和40年10月
- 「北水協会百年史」昭和59年10月
- 「北水協会125年誌」平成21年10月23日発行
- 「概要」平成2年7月
- 「公益財団法人北水協会移行認定記念誌」平成23年12月26日
- 「水産学術研究・改良補助事業報告」平成22年度（平成23年11月）
～平成25年度（平成26年10月） - 「水産研究助成事業報告」平成27年度(令和4年9月)～令和3年度(令和4年9月)
当協会では、資料室を設け、北海道の水産に関する資料・書籍を保存し展示しております。所有する古文書や当協会が出版した機関紙・書籍及び報告書等も公開しております。